Il chiostro di Sant’Andrea è stato sistemato nella sua attuale collocazione nel 1922,
dopo che, per quasi venti anni – e smontato -, era giaciuto abbandonato nella Chiesa di Sant’Agostino.
Lo smontaggio era stato effettuato nel 1905, quando si era conclusa la demolizione del monastero di Sant’Andrea della Porta,
complesso monumentale di origine medioevale nell’ambito del quale il chiostro era stato edificato intorno alla metà del XII secolo.
Il chiostro fu la sola struttura architettonica ad essere salvata al momento della demolizione.
Il monastero sorgeva poco distante dalla collocazione attuale del chiostro, sul colle di sant’Andrea,
accanto a Porta Soprana ,
e si accedeva ad esso attraverso un viottolo che, partendo dalla porta, saliva fino al muro di cinta.